Иако долго време е во љубов со маж, пред 5 децении Елтон имал девојка, Линда Ханон, на која ѝ помогнал кога се нашла во неволја.
Тие биле во врска во седумдесеттите и таа била инспирација за неговата песна Someone saved my life. Кога во лекарската ординација дознала дека ѝ е потребна операција, вградување вештачка чашка на коленото, Линда му се обратила на Џон.
„По долго размислување, му испратив имејл на менаџерот на Елтон. Вклучив и неколку детали на кои само тој се сеќава, поврзани со нашиот однос“, изјави Линда за британските медиуми.
Кога таа му се обратила за помош, Елтон бргу ѝ се јавил и ја платил нејзината операција, пренесува „Сан“.
По врската со Линда, Елтон беше во брак со Рената Блауел во текот на осумдесеттите години, но тие се разведоа во 1988 година и потоа тој објави дека всушност ги сака мажите.
Елтон е во врска со Дејвид од 1993 година и ги имаат 7-годишниот Илајџа и 9-годишниот Захари.
